국회 본회의 통과를 앞두고 주무부처인 국토교통부가 국회 상임위에 보고했다는 16쪽짜리 보고서가 최대 변수로 등장했다.

현재 부산시가 추진하는 가덕도 신공항 건설방안은 국내선은 김해공항을 이용하고 국제선 1본만 건설하는 방안인데, 국토부는 보고서에서 특히 공군이 이런 방안에 대해 "국제선만 가덕 이전 시 근거리 복수공항 운영에 따른 공역 혼잡, 비행절차 전면 재검토, 관제 업무 복잡 등으로 사고 위험이 크다는 입장"이라는 것을 적시했다.

또한 국제선과 국내선을 따로따로 복수공항 체제로 운영하게 되면 국내선 항공기의 돗대산 추락 위험성 해소가 불가하다는 것도 이유로 들었다.