학생의 선택권을 보장해 '맞춤형 교육'이 가능하다는 점에서 교육당국은 고교학점제를 미래교육의 핵심 동력으로 여겨왔다.

예컨대 교사가 부족한 농어촌 지역의 경우 학생들이 원하는 선택과목을 제대로 개설하지 못할 수도 있는 반면, 대입에 몰입하는 지역의 학교들에선 대입에 유리한 과목들을 많이 만드는 방식으로 고교학점제를 악용할 여지도 있다.

김성천 한국교원대 교수는 "교육청 차원에서 고교학점제 설계와 시행 전반을 장악하고 개별 학교를 넘어선 환경을 구축해야만 제도가 안착할 수 있다"고 지적했다.